与抵押、质押的区别：抵押和质押是物的担保，需要以特定的财产作为担保物；而保函是一种信用担保，不需要提供具体的实物资产作为担保，而是凭借担保人的信用来承担担保责任。在实现担保权益的方式上，抵押和质押需要通过对担保物进行处置来实现债权，而保函则是由担保人直接向受益人支付款项来履行担保义务。
合同约定：预付款保函是为保障基础交易合同中预付款的而设立的，合同双方可根据交易的具体安排和需求，在合同中约定预付款保函的期限。比如在大型设备采购合同中，双方可根据设备生产周期、运输时间等因素，协商确定预付款保函的期限。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
从风险保障角度看
预付款保函的核心作用是保障预付款的，确保在申请人未能按照合同约定使用预付款或履行相应义务时，受益人能够得到补偿。即使预付款已经使用完毕，但在项目执行过程中可能还存在其他与预付款相关的潜在风险，如因申请人原因导致项目中途停滞、质量不达标等情况，可能需要用预付款进行弥补或扣除相应款项，所以保函期限超过预付款使用期限能为受益人提供更的风险保障。